| -rw-r--r-- | configure.ac | 20 | ||||
| -rw-r--r-- | src/Makefile.am | 6 | ||||
| -rw-r--r-- | src/aggregator.c | 14 | ||||
| -rw-r--r-- | src/assign_protein_type.c | 72 | ||||
| -rw-r--r-- | src/assign_protein_type.h | 6 | ||||
| -rw-r--r-- | src/check_error.c | 14 | ||||
| -rw-r--r-- | src/check_error.h | 11 | ||||
| -rw-r--r-- | src/check_h5_error.c | 12 | ||||
| -rw-r--r-- | src/check_h5_error.h | 12 | ||||
| -rw-r--r-- | src/check_ncbi_error.c | 13 | ||||
| -rw-r--r-- | src/check_ncbi_error.h | 13 | ||||
| -rw-r--r-- | src/load_influenza_aa_dat.c | 31 |
12 files changed, 211 insertions, 13 deletions
diff --git a/src/aggregator.c b/src/aggregator.c index 228e5c6..20da6df 100644 --- a/src/aggregator.c +++ b/src/aggregator.c @@ -3,6 +3,8 @@ * container. */ +#include "assign_protein_type.h" +#include "check_h5_error.h" #include "load_influenza_aa_dat.h" #include "load_influenza_faa.h" @@ -14,22 +16,26 @@ main() /* * Create the HDF5 file. */ - hid_t file_id = H5Fcreate (FILE, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT); + // hid_t file_id = H5Fcreate (FILE, H5F_ACC_TRUNC, H5P_DEFAULT, H5P_DEFAULT); /* * Load the supplementary protein data file. */ - load_influenza_aa_dat (file_id); + // load_influenza_aa_dat (file_id); /* * Load the FASTA protein sequence data file. */ - load_influenza_faa (file_id); + // load_influenza_faa (file_id); /* * Close the HD5 file. */ - H5Fclose (file_id); + // herr_t status = H5Fclose (file_id); + // if (status < 0) + // check_h5_error (status, __FILE__, __LINE__); + + assign_protein_type (0); return 0; } |
